Aκύρωσε εν μέρει η Ολομέλεια του Συμβουλείου της Επικρατείας προεδρικό διάταγμα (79/2017) το οποίο προέβλεπε την κοινή προσευχή και τον εκκλησιασμό μαθητών και δασκάλων σε δημοτικά και νηπιαγωγεία, καθώς και τη δυνατότητα εκκλησιασμού τους στο πλαίσιο συγκεκριμένων εορτών.
Ειδικότερα, με την υπ΄αριθμόν 942/2020 απόφαση τους, οι δικαστές της Ολομέλειας του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου έκριναν ότι η προσευχή και ο εκκλησιασμός στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής διαδικασίας συνιστούν, όπως και η διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών, αναγκαία μέσα, με τα οποία υπηρετείται ο συνταγματικός σκοπός της αναπτύξεως της θρησκευτικής συνείδησης των Ελλήνων, όπως προβλέπει το άρθρο 16 του Συντάγματος.
Η προσευχή και ο εκκλησιασμός, σύμφωνα με την απόφαση απευθύνονται όμως αποκλειστικά στους μαθητές που ασπάζονται το ορθόδοξο χριστιανικό δόγμα και όχι στους ετερόδοξους, ή στους άθεους μαθητές. Αυτοί, απολαμβάνουν του δικαιώματος της θρησκευτικής ελευθερίας, η οποία κατοχυρώνεται από το άρθρο 13 του Συντάγματος, και βάση αυτής της διάταξης, δικαιούνται να απαλλαγούν από την προσευχή και τον εκκλησιασμό, χωρίς καμία δυσμενή συνέπεια.
Ετσι, οι δικαστές έκριναν ότι νομίμως προβλέπεται στο ΠΔ ο εκκλησιασμός και η πρωινή προσευχή των μαθητών των νηπιαγωγείων και των δημοτικών σχολείων. Παρανόμως όμως δεν προβλέπεται η δυνατότητα απαλλαγής από τον εκκλησιασμό μαθητών νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων για λόγους θρησκευτικής συνείδησης κατόπιν δηλώσεως των γονέων τους.