Τον Ιούλιο του 1979, η οικογένεια Βαρδινογιάννη προχώρησε στην αγορά του πλειοψηφικού πακέτου της ΠΑΕ Παναθηναϊκός με τον Γιώργο Βαρδινογιάννη να ορίζεται ως ο πρόεδρος της ομάδας. Με το παρατσούκλι «καπετάνιος», ο Γιώργος Βαρδινογιάννης οδηγούσε τους «πράσινους» στην διοικητική «σκακιέρα» για 21 χρόνια, με τον σύλλογο να σημείωνει μεγάλες επιτυχίες.
Σε όλα τα παραπάνω, σημαντική ήταν και η παρουσία του Βαρδή Βαρδινογιάννη, αφού ο ίδιος είχε κουβέντες συχνά τον πρόεδρο της ομάδας, για τις κινήσεις που πρέπει να κάνει. Είναι γνωστό πως ο Γιώργος Βαρδινογιάννης του είχε τυφλή εμπιστοσύνη και έτσι, ο ίδιος ήταν εκτός από το κεφάλι της οικογένειας, κάτι σαν... προσωπικός του σύμβουλος.