Μετά την θητεία στον ΌΦΗ, ο Γιάννης Σαμαράς αλλάζει... νομό και κατηγορία καθώς θα βρεθεί στην Αθήνα για να αναλάβει την θέση του αθλητικού διευθυντή στον Απόλλωνα Σμύρνης. Στην ανακοίνωση της η Αθηναϊκή ΠΑΕ αναφέρει το βιογραφικό του.
Έχει περάσει, μετά την καριέρα του ως ποδοσφαιριστής εντός Ελλάδος σε Παναθηναϊκό, ΟΦΗ και Εθνική Ελλάδος, από διάφορα πόστα ομάδων σε Ολλανδία και Ελλάδα. Αναλυτικά η ανακοίνωση του Απόλλωνα Σμύρνης:
«Η ΠΑΕ Απόλλων Σμύρνης ανακοινώνει την έναρξη της συνεργασίας της με τον Γιάννη Σαμαρά, ο οποίος αναλαμβάνει ρόλο αθλητικού διευθυντή. Γεννημένος στις 3 Μαΐου 1961, υπήρξε ποδοσφαιριστής, μεταξύ άλλων σε Παναθηναϊκό, ΟΦΗ και Εθνική Ελλάδας. Στη συνέχεια εργάστηκε σε ομάδες σε Ολλανδία και Ελλάδα, ως τεχνικός διευθυντής, προπονητής και επικεφαλής Ανάπτυξης Υποδομών».