Στην κληρωτίδα μπήκαν 40 ομάδες της Γ’ Εθνικής που προκρίθηκαν από την 1η φάση και οι αγώνες ορίστηκαν να γίνουν στις 11-12 Σεπτεμβρίου.
Τα ζευγάρια της 2ης φάσης:
1ος όμιλος
ΦΣ Κοζάνη-Πανδραμαϊκός
Εδεσσαϊκός-Άρης Αβάτου
Αναγέννηση Πλαγιάς-Ποσειδώνας Μηχανιώνας
Παναγρινιακός-ΠΟ Ελασσόνας
Εθνικός Σοχού- Αγροτικός Αστέρας
Μακεδονικός-ΑΟ Υπάτου
ΠΟ Φήκης-Αμβρυσσέας Διστόμου
Τηλυκράτης-ΑΕ Λευκίμμης
Αλεξανδρούπολη FC-Αχέρων Καναλακίου
Θησέας Αγριάς- Μ. Αλέξανδρος Τρικάλων
2ος όμιλος
Γιούχτας-Αήττητος Σπάτων
Εθνικός-Κερατσίνι ΑΠΟ
Διαβολίτσι-ΠΑΟ Ρουφ
Αίας Σαλαμίνας-Παναχαϊκή
Αταλάντη-Νέα Αρτάκη
Προοδευτική-Άρης Σκάλας
ΠΟ Ατσαλένιου-Ηλιούπολη
Άρης Σούδας-Χαραυγιακός
Άγιος Νικόλαος Κρήτης-Πανελευσινιακός
Διαγόρας Βραχνέικων-Ερμής Μελιγούς