Η κληρωτίδα του Κυπέλλου Ελλάδας στην αρχή έβγαλε το ντέρμπι ανάμεσα σε Άρη και ΠΑΟΚ, κάτι το οποίο δεν ισχύει και η κλήρωση έγινε εκ νέου, φέρνοντας αντιμέτωπους τον Άρη με τη Λάρισα στην πρώτη φάση και τον ΠΑΟΚ με τον Προμηθέα στα προημιτελικά.
Γκάφα ολκής από την ΕΟΚ με την πρώτη κλήρωση να είναι άκυρη (έκανε λάθος στην τελική κατάταξη του πρωταθλήματος της Basket League) και να γίνεται ξανά (από τη β' φάση του θεσμού και μετά).
Επίσης η ΑΕΚ θα αναμετρηθεί με το Περιστέρι και ο Παναθηναϊκός με το Λαύριο. Η κλήρωση των ημιτελικών θα πραγματοποιηθεί μέσα στη σεζόν.
Αναλυτικά το πρόγραμμα του Κυπέλλου Ελλάδας:
Β' Φάση - 1η Αγωνιστική - Σάββατο 18/9/2021
15. Ιωνικός - Απόλλων Πατρών
16. Κολοσσός Ρόδου - Ολυμπιακός
17. Λάρισα - Άρης
18. Νικητής Α14 (Ομάδα της Α2) - Ηρακλής
Β' Φάση - 2η Αγωνιστική - Τετάρτη 22/9/2021
19. Νικητής 15 (Ιωνικός - Απόλλων Πατρών) - Νικητής 17 (Λάρισα - Άρης)
20. Νικητής 18 [Νικητής Α14 (Ομάδα της Α2) - Ηρακλής] - Νικητής 16 (Κολοσσός Ρόδου - Ολυμπιακός)
Προημιτελικοί Αγώνες - Τετάρτη 16/2/2021
21. Νικητής Α20 [Νικητής 18 (Νικητής Α14 {Ομάδα της Α2} - Ηρακλής) - Νικητής Α16 (Κολοσσός Ρόδου - Ολυμπιακός)] - Νικητής Α19 [Νικητής Α15 (Ιωνικός - Απόλλων Πατρών) - Νικητής Α17 (Λάρισα - Άρης)]
22. Προμηθέας - ΠΑΟΚ
23. ΑΕΚ - Περιστέρι
24. Παναθηναϊκός - Λαύριο